در اطلاعیه سازمان عفو بین‌الملل که روز چهارشنبه (۱۳ مه / ۲۳ اردیبهشت) منتشر شده، آمده است که محمدعلی طاهری به دلیل عقاید و آموزه‌هایش به اتهام "توهین به مقدسات اسلامی" چهار سال را در سلول انفرادی گذرانده و هم اکنون به اتهام "افساد فی الارض" محاکمه می‌شود و ممکن است به خاطر این اتهام محکوم به اعدام شود.
عفو بین‌الملل می‌نویسد که محمدعلی طاهری در روزهای ۱۱ مارس (۲۰ اسفند ۹۳) و ۲۹ آوریل (۹ اردیبهشت ۹۴) در شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب در تهران به دلیل بنیانگذاری گروه معنوی "عرفان حلقه" به اتهام "افساد فی الارض" محاکمه شده است. محاکمه محمدعلی طاهری به اتهام "افساد فی الارض" در حالی آغاز شده که او یک سال به پایان محکومیت پنج ساله خود داشته است. طاهری از زمان دستگیری در ۴ مه ۲۰۱۱ (۱۴ اردیبهشت ۸۹) در سلول انفرادی به سر برده است.
به نوشته عفو بین‌الملل، دادگاه انقلاب در ۳۰ اکتبر ۲۰۱۱ محمد علی طاهری را به دلیل اتهامات گوناگونی چون "توهین به مقدسات اسلامی، انجام اعمالی که به لحاظ دینی ممنوع هستند مثل لمس نامحرم، معالجه غیرقانونی بیماران و نشر افکار ضاله" محاکمه کرد. این دادگاه طاهری را محکوم به پنج سال زندان، ۷۴ ضربه شلاق و جریمه نقدی ۹ بیلیون ریالی (حدود ۳۱۵ هزار دلار) کرد. طاهری از اتهام "سب‌النبی" تبرئه شد.
تاسیس "حلقه عرفان" و مخالفت با آن
محمدعلی طاهری مؤسسه آموزشی و فرهنگی "حلقه عرفان" را در سال ۲۰۰۶ به طور قانونی در تهران تاسیس کرد تا دریافته‌ها و آموزش‌های خود را در زمینه فرادرمانگری و روش درمانی سایمنتولوژی با علاقمندان در میان بگذارد. نام او تا پیش از دستگیری‌اش به عنوان معلم "طب جایگزین" و روش درمانی از "طرق فرازمینی و ارتباط با عوالم و عرفان کیهانی" شناخته شده بود.
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوی اسلامی، درباره کلاس‌های این گروه گفته بود: «از شرکت در این گونه جلسات و هرگونه عملی که باعث ترویج این گونه افراد و این گونه کلاس‌ها شود اجتناب گردد.» مکارم شیرازی گفته بود: «این گونه فرقه‌ها هیچگونه اعتبار شرعی ندارند و اعتقادات مذکور انحراف آشکار است و هدف آنها سودجویی است». همچنین مرتضی همدانی این گروه را وهابی و مرتد دانسته بود.
پس از دستگیری محمدعلی طاهری گفته شد که سپاه پاسداران تقاضای اعدام برای او کرده و به فتواهای برخی مراجع تقلید درباره گروه "عرفان حلقه" اتکا داشته است. گفته می‌شود پیگرد محمدعلی طاهری و طرفداران "عرفان حلقه" بخشی از پیگردهایی است که علیه گروه‌های عرفانی و جریان‌های معنوی در جریان است.
وضعیت طاهری در زندان
محمدعلی طاهری در اعتراض به نگهداری طولانی مدت خود در سلول انفرادی، عدم دسترسی به وکیل و نداشتن اجازه ملاقات با خانواده‌اش و نیز تهدید مکرر او و همسر و فرزندانش به قتل، ۱۲ بار اعتصاب غذا و چهار بار اقدام به خودکشی کرده است.
به گزارش سازمان عفو بین‌الملل، پس از دوازدهمین اعتصای غذای محمدعلی طاهری از ۶ تا ۲۶ دسامبر ۲۰۱۴، مقامات جمهوری اسلامی به او اجازه دادند با وکیل منتخب خود دیدار کند. او از آن هنگام تا کنون دو بار با وکیلش ملاقات کرده و اجازه دیدار هفتگی با همسرش را داشته است.
اتهام جدید "افساد فی الارض"
سازمان عفو بین‌الملل به مقامات ایران و رسانه‌های دولتی چون خبرگزاری فارس، رجا نیوز و ادیان نیوز انتقاد می‌کند که چندین بار محمدعلی طاهری را پیش از برگزاری دادگاه متهم به "افساد فی الارض" کرده و گناهکار دانسته‌اند، در حالی‌که فرض بر بیگناهی تا اثبات جرم لازمه هر محاکمه منصفانه‌ای است.
به نوشته عفو بین‌الملل، حجة‌الاسلام ابراهیم رئیسی، دادستان کل ایران، محمدعلی طاهری را در ۲۱ نوامبر ۲۰۱۴ "مفسد فی الارض" خواند و گزارش‌های مطبوعات را مبنی بر دیدارش از طاهری که در نتیجه اعتصاب غذا در بیمارستان بود تکذیب کرد.
تلویزیون جمهوری اسلامی در اوت ۲۰۱۱ "اعترافات" محمدعلی طاهری را پخش کرد که او در آن به نفی تعلیمات خود پرداخت. طاهری از طرفدارانش خواست که از گوش دادن به نوارهای صوتی‌اش و خواندن نوشته‌های‌اش خودداری کنند.
به نوشته عفو بین‌الملل، وکیل محمدعلی طاهری درباره "مرتد" خواندن موکلش توسط برخی مراجع تقلید گفته است که اتهام‌هایی که به موکلش زده شده بر پایه اطلاعات نادقیق است، چون موکل او اصول اساسی اسلام را رد نمی‌کند.
به گزارش خبرگزاری فارس، دست کم ۳۰ تن از معلمان موسسه "عرفان حلقه" نیز به اتهام "توهین به مقدسات اسلامی" به یک تا ۵ سال حبس محکوم شده‌اند.
سازمان عفو بین‌الملل محمدعلی طاهری را زندانی عقیدتی دانسته که به طور صلح‌آمیز از حق بیان خود بهره گرفته است. این سازمان یادآور شده که بنا بر قانون بین‌المللی حقوق بشر مجازات اعدام تنها در مورد "جنایت‌های بسیار جدی" مثل قتل عمد اعمال می‌شود.
دویچه وله صدای آلمان